Nhiều doanh nghiệp khi thuê doanh nghiệp chế xuất (EPE) gia công hàng hóa để xuất khẩu đang gặp phải tình trạng bị đánh thuế hai lần: Vừa phải trả thuế GTGT trên hóa đơn gia công, vừa phải nộp thuế GTGT trên tờ khai nhập khẩu (loại hình E41). Đây là “điểm nghẽn” cần được xử lý ngay bằng cách áp dụng đúng loại hóa đơn theo quy định mới.

Nội dung bài viết
1. Nhận diện nút thắt: Tại sao lại phát sinh thuế hai lần?
Trường hợp của Công ty VINAHITEK phản ánh một thực tế phổ biến khi doanh nghiệp chưa cập nhật quy định về hóa đơn điện tử cho khu phi thuế quan:
-
Lần 1: Đơn vị EPE xuất hóa đơn có thuế GTGT khi giao hàng gia công.
-
Lần 2: Cơ quan hải quan thu thuế GTGT trên tờ khai nhập khẩu sau gia công (loại hình E41) đối với cùng một giá trị hàng hóa.
2. Giải pháp từ Nghị định 70/2025/NĐ-CP
Căn cứ khoản 5 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 20/03/2025 (sửa đổi, bổ sung Nghị định 123/2020/NĐ-CP), quy định về hóa đơn đối với tổ chức trong khu phi thuế quan đã có hướng dẫn rất rõ ràng:
-
Mẫu hóa đơn bắt buộc: Các tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan (bao gồm cả đơn vị EPE) khi cung cấp dịch vụ gia công vào nội địa phải sử dụng loại hóa đơn có ghi rõ dòng chữ: “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan”.
-
Phương pháp kê khai: * Nếu đơn vị EPE khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, họ phải sử dụng hóa đơn theo điểm a khoản này.
-
Nếu đơn vị EPE khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, họ sẽ sử dụng hóa đơn theo quy định tại khoản 1 Điều này.
-
3. Lời khuyên cho doanh nghiệp
Để giải quyết dứt điểm tình trạng thuế chồng thuế, doanh nghiệp cần thực hiện các bước sau:
-
Yêu cầu đơn vị EPE sử dụng đúng loại hóa đơn: Đảm bảo hóa đơn dịch vụ gia công phải tuân thủ hướng dẫn tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP dành riêng cho khu phi thuế quan.
-
Liên hệ cơ quan Hải quan: Đối với vướng mắc liên quan trực tiếp đến số thuế GTGT trên tờ khai nhập khẩu (E41), doanh nghiệp cần chủ động làm việc với cơ quan Hải quan quản lý để được hướng dẫn thủ tục kê khai và xử lý thuế đúng quy định, tránh nộp thừa.
Liên hệ nếu quý khách cần tư vấn thêm: Ms Huyền Hotline/Zalo – 094 719 2091
Email: pham.thi.thu.huyen@manaboxvn.jp.
_______________
