Checklist thuế với doanh nghiệp chế xuất

Dưới đây là Checklist THUẾ cho Doanh nghiệp Chế xuất (DNCX) (áp dụng từ 01/07/2025). Dùng như “bảng quyết định nhanh” cho mua hàng – bán hàng – kế toán thuế.

Một số điểm cơ bản cần xem xét thuế với doanh nghiệp chế xuất

1. Rà soát “mục tiêu dự án” trên GCN đăng ký đầu tư để phân định phạm vi hoạt động chế xuất vs. hoạt động khác (làm căn cứ áp dụng 0%, hóa đơn, kê khai)

2. Thiết kế mặt bằng & quy trình kho bãi: tách biệt khu vực lưu trữ chế xuất và khu vực hoạt động khác; cập nhật sơ đồ ngăn cách và quy chế nội bộ

3. Hạch toán tách bạch trên ERP: mã nguồn thu/chi phí, kho, tài sản cho chế xuất và khác; khóa kiểm soát không cho dùng tài sản ưu đãi vào hoạt động khác

4. Cấu hình hóa đơn:

   • Chọn mẫu “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan” cho giao dịch phù hợp.

   • Quy định khi nào dùng hóa đơn bán hàng với hóa đơn GTGT theo phương pháp khai thuế đã chọn.

5. Chuẩn hóa hồ sơ 0% (đối với đầu vào từ nội địa phục vụ trực tiếp chế xuất): mẫu hợp đồng, chứng từ giao nhận trong khu phi thuế quan, chứng từ thanh toán… theo NĐ 181/2025 & TT 69/2025

6. Bán vào nội địa: luôn thực hiện thủ tục hải quan và tính các sắc thuế xuất nhập khẩu theo quy định; phối hợp sớm với đại lý HQ để tránh ách tắc.

7. Đào tạo nội bộ cho các bộ phận mua hàng, kho, kế toán thuế, bán hàng về thay đổi sau 01/7/2025; lập ma trận tình huống (giao dịch nội địa–DNCX; DNCX–khu phi thuế quan; DNCX–xuất khẩu; DNCX bán vào nội địa…). 

Xác định thuế suất đầu vào cho Doanh nghiệp Chế xuất (thuế suất)

1. 0% khi đồng thời cung ứng trực tiếp cho tổ chức trong khu phi thuế quan (KPTQ) và tiêu dùng trong KPTQ; phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất xuất khẩu của DNCX.

   • Ví dụ thường gặp (được 0%): nâng/hạ container, xếp dỡ tại nhà máy/cảng, phí chứng từ/niêm chì/làm hàng/đóng gói… nếu không phục vụ hoạt động khác

2. Không chịu thuế nếu giao dịch giữa hai KPTQ/DNCX (ví dụ DNCX cung cấp hàng cho DNCX khác)

3. 10% (thuế suất thông thường) với các trường hợp không đáp ứng 0% hoặc rơi vào danh mục loại trừ 0% (chuyển giao công nghệ, cấp tín dụng, sản phẩm phái sinh, bưu chính–viễn thông, xăng dầu/ô tô bán cho tổ chức cá nhân trong KPTQ, v.v.)

   • Lưu ý điển hình: Sửa chữa khuôn cho DNCX nhưng thực hiện/tiêu dùng ngoài KPTQ

Bán vào nội địa / quan hệ với nội địa

• Quan hệ DNCX ↔ nội địa là xuất khẩu/nhập khẩu; bán sản phẩm dự án vào nội địa phải làm thủ tục hải quan và nộp các sắc thuế XNK theo luật chuyên ngành

• DNCX chỉ có hoạt động chế xuất: Dùng “Hóa đơn bán hàng – Dành cho tổ chức, cá nhân trong KPTQ” đối với: giao dịch giữa các tổ chức/cá nhân trong KPTQ, xuất khẩu ra nước ngoài, bán vào nội địa

• DNCX có hoạt động khác: Chọn phương pháp thuế và loại hóa đơn tương ứng (trực tiếp → hóa đơn bán hàng; khấu trừ → hóa đơn GTGT)

Kê khai/hoàn thuế với doanh nghiệp chế xuất

• Chỉ có hoạt động xuất khẩu → không nộp hồ sơ khai thuế GTGT

• Có hoạt động khác ngoài chế xuất → phải kê khai GTGT; tự chọn phương pháp trực tiếp/khấu trừ và loại hóa đơn tương ứng

  • Không hoàn thuế với đầu vào phục vụ hoạt động khác (ngoài phạm vi được hoàn theo Luật 48/2024 & NĐ 181/2025)

Nếu DNCX làm thêm hoạt động khác (ngoài mục tiêu chế xuất)

• Bố trí ngăn cách vật lý khu vực chế xuất với khu kinh doanh khác; hạch toán riêng doanh thu/chi phí; không dùng tài sản ưu đãi của chế xuất cho hoạt động khác (nếu dùng phải hoàn trả ưu đãi).

• Hàng hóa/dịch vụ mua–bán cho hoạt động khác: áp thuế suất theo bản chất (0%/5%/10%/không chịu) và phải kê khai nộp thuế

Liên hệ nếu quý khách cần tư vấn thêm: Ms Huyền Hotline/Zalo – 094 719 2091

Email: pham.thi.thu.huyen@manaboxvn.jp.

_______________