Nghĩa vụ thuế cần lưu ý khi áp dụng thông tư 99

Dưới đây là một số quy định về thuế dẫn chiếu sang pháp luật kế toán, chế độ kế toán, và từ đó chỉ ra Nghĩa vụ thuế cần lưu ý khi áp dụng thông tư 99 từ 2026.

Thông tư 99/2025/TT-BTC sẽ ảnh hưởng gì tới chính sách thuế từ 2026?

Lưu ý quan trọng: Thông tư 99 không “thay đổi đổi luật thuế” (thuế suất/căn cứ tính thuế…) nhưng vì rất nhiều quy định thuế yêu cầu “đúng chế độ kế toán / chứng từ kế toán / sổ sách kế toán…”, nên từ 01/01/2026, “quy định về kế toán” mà thuế đang dẫn chiếu sẽ chuyển từ TT200 sang TT99 sẽ kéo theo thay đổi về hồ sơ chứng từ, cách hạch toán, sổ sách, và mẫu BCTC khi cơ quan thuế đối chiếu…

Nhóm ảnh hưởng bởi quy định về tỷ giá

So với thông tư 200/2014/TT-BTC, thông tư 99/2025/TT-BTC cũng quy định chặt về đơn vị tiền tệ kế toán, chuyển đổi BCTC ra VND để nộp cơ quan có thẩm quyền (và cách quy đổi các khoản mục): Sử dụng tỷ giá mua bán chuyển khoản trung bình hoặc tỷ giá xấp xỉ +/- 1%. Do đó, doanh nghiệp cần phải cập nhật tỷ giá tính thuế

• Với hóa đơn
• Với các chỉ tiêu BCTC
• Với tờ khai/ quyết toán TNDN
• Với tờ khai thuế GTGT
• Với tờ khai thuế nhà thầu nước ngoài
• Với tờ khai thuế TNCN

Chế độ kế toán mới: Thông tư 99 thay thế thông tư 200

Nhóm ảnh hưởng bởi thuế tối thiểu toàn cầu

Khi thực hiện quy định về thuế tối thiểu toàn cầu, doanh nghiệp cần lưu ý quy định tại tài khoản 8212

2. Phương pháp kế toán chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu

a) Đối với doanh nghiệp là đơn vị hợp thành chịu trách nhiệm kê khai:

– Đơn vị hợp thành chịu trách nhiệm kê khai phải ghi nhận số thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu và phân bổ số thuế cho các đơn vị hợp thành không chịu trách nhiệm kê khai (tiêu thức phân bổ do doanh nghiệp lựa chọn cho phù hợp với đặc điểm và yêu cầu quản lý của đơn vị nhưng phải đảm bảo nhất quán theo quy định của chuẩn mực kế toán), ghi:

Nợ TK 82112 – Chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu (tương ứng với nghĩa vụ của đơn vị hợp thành chịu trách nhiệm kê khai)

Nợ TK 1388 – Phải thu khác (tương ứng với nghĩa vụ của các đơn vị hợp thành không chịu trách nhiệm kê khai)

Có TK 3334 – Thuế thu nhập doanh nghiệp.

Đồng thời, đơn vị hợp thành chịu trách nhiệm kê khai ghi nhận tài sản thuế thu nhập hoãn lại tương ứng với phần ước tính nghĩa vụ chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu của đơn vị:

Nợ TK 243 – Tài sản thuế thu nhập hoãn lại

Có TK 8212 – Chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hoãn lại

Ảnh hưởng theo giá trị sổ sách kế toán

• Về thuế TNCN, thông tư 111/2013/TT-BTC dùng sổ sách kế toán/BCTC theo pháp luật kế toán làm căn cứ xác định giá trị trong một số trường hợp (vốn góp/chứng khoán…) nên khi phát sinh nghiệp vụ TNCN liên quan chuyển nhượng vốn/chứng khoán…  “giá trị sổ sách” được lấy theo BCTC lập theo thông tư 99

• Nghị định 320/2025/NĐ-CP: trong các quy định chi phí/điều kiện có các chỗ tham chiếu tới “chứng từ… theo quy định pháp luật về kế toán” và các khái niệm dựa trên sổ sách kế toán (ví dụ: giá trị còn lại trên sổ). Ngoài ra, quy định về Thuế TNDN có quy định khấu hao không được trừ nếu tài sản không theo dõi/hạch toán trên sổ kế toán theo chế độ hiện hành…

Nhóm ảnh hưởng với quy định về hồ sơ

Thuế GTGT 

• Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: điều kiện/ hồ sơ hoàn thuế có nội dung yêu cầu lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo pháp luật kế toán. Nghị định 181/2025/NĐ-CP (hướng dẫn Luật GTGT): có các đoạn ràng buộc điều kiện/đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ theo hướng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo pháp luật kế toán và Thông tư 69/2025/TT-BTC có quy định về trách nhiệm của nhà thầu nước ngoài nếu nhà thầu có tổ chức hạch toán kế toán theo pháp luật kế toán

Thuế TNDN

• Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15: điều kiện để được ưu đãi/áp dụng… có yêu cầu thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ.

Hóa đơn – chứng từ – lưu trữ

• Vì hóa đơn là chứng từ kế toán theo NĐ 123 , nên các quy định TT99 về chứng từ kế toán sẽ tác động mạnh tới bộ hồ sơ phục vụ thuế: Chứng từ kế toán phải tuân thủ Luật Kế toán và hướng dẫn liên quan, yêu cầu về chứng từ (lập/ký/kiểm soát). Mọi nghiệp vụ phát sinh phải lập chứng từ kế toán, quy định về ký/kiểm soát chứng từ. 

• Thông tư 99 cho phép DN phân cấp và ghi nhận hoặc không ghi nhận doanh thu/giá vốn khi luân chuyển nội bộ, và việc này không phụ thuộc hình thức chứng từ kế toán (hóa đơn hay chứng từ luân chuyển nội bộ). DN cần tách bạch rất rõ trong phần mềm giữa chứng từ kế toán nội bộ phục vụ hạch toán và nghĩa vụ lập hóa đơn theo quy định về hóa đơn theo quy định pháp luật thuế

Cơ sở pháp lý

Nghị định 181/2025/NĐ-CP (GTGT)

• Điều 21. Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế: Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ bao gồm:
• Điều 37. Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng: Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Mục này phải đáp ứng điều kiện sau đây:
  • 1. Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại các Điều 29, Điều 30, Điều 31, Điều 32 Nghị định này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
• Điều 6. Giá tính thuế đối với hàng hóa, dịch vụ dùng để trao đổi, tiêu dùng nội bộ, biếu, tặng, cho và hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại
  • c) Tài sản điều chuyển giữa các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc trong cơ sở kinh doanh; tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp; tài sản cố định đang sử dụng, đã thực hiện trích khấu hao khi điều chuyển theo giá trị ghi trên sổ sách kế toán giữa cơ sở kinh doanh và các đơn vị thành viên do một cơ sở kinh doanh sở hữu 100% vốn hoặc giữa các đơn vị thành viên do một cơ sở kinh doanh sở hữu 100% vốn để phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng; tài sản góp vốn vào doanh nghiệp. Cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải có lệnh điều chuyển tài sản, kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản. Tài sản góp vốn vào doanh nghiệp phải có: biên bản góp vốn sản xuất kinh doanh, hợp đồng liên doanh, liên kết; biên bản định giá tài sản của Hội đồng giao nhận vốn góp của các bên góp vốn (hoặc văn bản định giá của tổ chức có chức năng định giá theo quy định của pháp luật), kèm theo bộ hồ sơ về nguồn gốc tài sản.
• XÁC ĐỊNH TỶ TRỌNG TRỊ GIÁ TÀI NGUYÊN, KHOÁNG SẢN VÀ CHI PHÍ NĂNG LƯỢNG TRÊN GIÁ THÀNH SẢN PHẨM
  • Trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng được xác định theo giá trị ghi sổ kế toán phù hợp với Bảng tổng hợp tính giá thành sản phẩm.

Nghị định 320/2025/NĐ-CP (TNDN)

Điều 3. Thu nhập chịu thuế

đ) Đối với hoạt động cho thuê tài sản là số tiền bên thuê trả từng kỳ theo hợp đồng thuê. Trường hợp bên thuê trả tiền trước cho nhiều năm thì doanh nghiệp căn cứ điều kiện thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ thực tế và việc xác định chi phí, có thể lựa chọn một trong hai phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế như sau: Là số tiền cho thuê tài sản của từng năm được xác định bằng số tiền trả trước chia cho số năm trả tiền trước hoặc là toàn bộ số tiền cho thuê tài sản của số năm trả tiền trước.

Đối với dịch vụ tài chính phái sinh, việc xác định doanh thu thực hiện theo quy định của pháp luật về kế toán và pháp luật khác có liên quan (nếu có);

o1) Chênh lệch tăng hoặc giảm do đánh giá lại tài sản là phần chênh lệch giữa giá trị đánh giá lại với giá trị còn lại của tài sản ghi trên sổ sách kế toán và tính một lần vào thu nhập khác (đối với chênh lệch tăng) hoặc giảm trừ thu nhập khác (đối với chênh lệch giảm) trong kỳ tính thuế khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp có tài sản đánh giá lại khi thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, góp vốn;

Điều 9. Các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

b) Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

Đối với các trường hợp: Mua sản phẩm là nông, lâm, thủy sản của người sản xuất, đánh bắt trực tiếp bán ra; mua sản phẩm thủ công làm bằng đay, cói, tre, nứa, lá, sõng, mây, rơm, vỏ dừa, sọ dừa hoặc nguyên liệu tận dụng từ sản phẩm nông nghiệp của người sản xuất thủ công trực tiếp bán ra; mua phế liệu của người trực tiếp thu nhặt; mua đồ dùng, tài sản của hộ gia đình, cá nhân trực tiếp bán ra; mua hàng hóa, dịch vụ của cá nhân, hộ kinh doanh (không bao gồm các trường hợp nêu trên) có mức doanh thu dưới ngưỡng doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng phải có chứng từ chi trả tiền theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ cho người bán (đối với trường hợp giá trị mua hàng hóa, dịch vụ trong ngày của từng hộ, cá nhân từ 05 triệu đồng trở lên phải thanh toán không dùng tiền mặt) và Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ do người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền của doanh nghiệp ký và chịu trách nhiệm;

c2) Trường hợp doanh nghiệp phát sinh các khoản chi do doanh nghiệp ủy quyền/giao cho người lao động trực tiếp mua hộ hàng hóa, dịch vụ để phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp từ 05 triệu đồng trở lên mà các khoản chi phí này được thanh toán bởi người lao động bằng dịch vụ thanh toán không dùng tiền mặt thì tính vào chi phí được trừ nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau: Có hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ và quy chế tài chính hoặc quy chế nội bộ hoặc quyết định của doanh nghiệp quy định việc ủy quyền hoặc cho phép người lao động được phép thanh toán khoản mua hàng hóa, dịch vụ để phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp và khoản chi này sau đó được doanh nghiệp thanh toán lại cho người lao động;

c) Chi khấu hao đối với tài sản cố định không được quản lý, theo dõi, hạch toán trong sổ sách kế toán của doanh nghiệp theo chế độ quản lý tài sản cố định và hạch toán kế toán hiện hành;

Trường hợp doanh nghiệp có chuyển nhượng một phần vốn hoặc chuyển nhượng toàn bộ doanh nghiệp khác theo quy định của pháp luật, nếu có chuyển giao tài sản thì doanh nghiệp nhận chuyển nhượng chỉ được trích khấu hao tài sản cố định vào chi phí được trừ đối với các tài sản chuyển giao đủ điều kiện trích khấu hao theo giá trị còn lại trên sổ sách kế toán tại doanh nghiệp chuyển nhượng.

7. Các khoản chi phí trích trước theo kỳ hạn, theo chu kỳ mà đến hết kỳ hạn, hết chu kỳ chưa chi hoặc chi không hết, cụ thể như sau:

a) Các khoản trích trước bao gồm: Khoản trích trước về sửa chữa lớn tài sản cố định theo quy định của pháp luật kế toán; các khoản trích trước đối với hoạt động đã tính doanh thu nhưng còn tiếp tục phải thực hiện nghĩa vụ theo hợp đồng (kể cả trường hợp doanh nghiệp có hoạt động cho thuê tài sản, hoạt động kinh doanh dịch vụ trong nhiều năm nhưng có thu tiền trước của khách hàng và đã tính toàn bộ vào doanh thu của năm thu tiền) và các khoản trích trước khác;

h) Chi phụ cấp cho người lao động đi công tác, chi phí đi lại và tiền thuê chỗ ở cho người lao động đi công tác nếu có đầy đủ hóa đơn, chứng từ được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Trường hợp doanh nghiệp cử người lao động đi công tác (bao gồm công tác trong nước và công tác nước ngoài) nếu có phát sinh chi phí từ 05 triệu đồng trở lên mà các khoản chi phí này được thanh toán bởi cá nhân bằng dịch vụ thanh toán không dùng tiền mặt thì xác định đủ điều kiện là hình thức thanh toán không dùng tiền mặt của doanh nghiệp và tính vào chi phí được trừ nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau: Có hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, pháp luật về hóa đơn, chứng từ do người cung cấp hàng hóa, dịch vụ giao xuất; doanh nghiệp có quyết định hoặc văn bản cử người lao động đi công tác; quy chế tài chính hoặc quy chế nội bộ của doanh nghiệp cho phép người lao động được phép thanh toán khoản công tác phí, mua vé phương tiện đi lại bởi cá nhân bằng dịch vụ thanh toán không dùng tiền mặt và khoản chi này sau đó được doanh nghiệp thanh toán lại cho người lao động.

Điều 13. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn

b) Giá mua của phần vốn chuyển nhượng được xác định đối với từng trường hợp như sau:

b1) Trường hợp là vốn góp thành lập doanh nghiệp thì giá mua là giá trị phần vốn góp lũy kế đến thời điểm chuyển nhượng vốn trên cơ sở sổ sách, hồ sơ, chứng từ kế toán và được các bên tham gia đầu tư vốn hoặc tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh xác nhận hoặc kết quả kiểm toán của công ty kiểm toán độc lập đối với doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài;

b2) Trường hợp là phần vốn do mua lại thì giá mua là giá trị vốn tại thời điểm mua. Giá mua được xác định căn cứ vào hợp đồng mua lại phần vốn góp, chứng từ thanh toán;

b3) Trường hợp doanh nghiệp đủ điều kiện hạch toán kế toán bằng đồng ngoại tệ và thực hiện theo đúng quy định của pháp luật về chế độ kế toán có chuyển nhượng vốn góp bằng ngoại tệ thì giá chuyển nhượng và giá mua của phần vốn chuyển nhượng được xác định bằng đồng ngoại tệ; trường hợp doanh nghiệp hạch toán kế toán bằng đồng Việt Nam có chuyển nhượng vốn góp bằng ngoại tệ thì giá chuyển nhượng phải được xác định bằng đồng Việt Nam theo pháp luật về quản lý thuế;

Điều 20. Miễn thuế, giảm thuế

b3) Tổng nguyên giá tài sản cố định của doanh nghiệp gồm: Nguyên giá tài sản cố định đầu tư mở rộng đưa vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và nguyên giá tài sản cố định hiện có đang dùng cho sản xuất, kinh doanh theo số liệu cuối kỳ trên Bảng cân đối kế toán (Báo cáo tình hình tài chính) năm;

Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại khoản này được tính từ năm dự án đầu tư mở rộng hoàn thành số vốn đầu tư đã đăng ký và có thu nhập; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên hoàn thành số vốn đầu tư đã đăng ký từ dự án đầu tư mở rộng thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mở rộng hoàn thành số vốn đầu tư đã đăng ký. Số vốn đầu tư đăng ký đã hoàn thành giải ngân được xác định bằng chênh lệch giữa nguyên giá tổng tài sản cố định trên Bảng cân đối kế toán (Báo cáo tình hình tài chính) của doanh nghiệp tại thời điểm doanh nghiệp hoàn thành dự án đầu tư mở rộng so với thời điểm trước khi thực hiện đầu tư mở rộng. Trong thời gian doanh nghiệp chưa hoàn thành giải ngân số vốn đầu tư đã đăng ký thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi thuế cho dự án đầu tư mở rộng.

Liên hệ nếu quý khách cần tư vấn thêm: Ms Huyền Hotline/Zalo – 094 719 2091

Email: pham.thi.thu.huyen@manaboxvn.jp.

_______________