Điểm mới thông tư về đăng ký thuế số 90/2026/TT-BTC

1. Thủ tục đăng ký thuế đối với NNT là tổ chức

1.1. Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

– Bổ sung Bảng kê chủ sở hữu pháp lý, chủ sở hữu hưởng lợi của công ty nước ngoài có chỉ nhánh, văn phòng đại diện tại Việt Nam (Mẫu số BK07-ĐKT) trong thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu của NNT là chi nhánh, văn phòng đại diện của công ty nước ngoài hoạt động tại Việt Nam (điểm a.1 khoản 2 Điều 7).

– Bổ sung quy định về hồ sơ đăng ký thuế của đơn vị phụ thuộc là Tờ khai đăng ký thuế mẫu số 01-ĐKT trong trường hợp đơn vị phụ thuộc được cấp MST 10 chữ số (hệ thống đơn vị phụ thuộc nhiều cấp và số lượng lớn hơn 1.000, áp dụng MST 10 chữ số cho đơn vị phụ thuộc cấp tỉnh) (điểm a.2 khoản 2 Điều 7).

– Sửa đổi quy định địa điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu đối với tổ chức theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập thì nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu tại Thuế cơ sở nơi tổ chức đóng trụ sở (điểm b khoản 2 Điều 7).

Trước đây: Các tổ chức nêu trên nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu tại Thuế tỉnh, thành phố nơi tổ chức đóng trụ sở.

– Sửa đổi quy định về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST theo hướng cơ quan thuế cấp dưới hình thức bản điện tử có ký số. Đồng thời, bỏ quy định cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST (Điều 8).

Trước đây: Cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST bản giấy và khi bản giấy bị mất, rách, nát, cháy thì NNT được đề nghị cơ quan thuế cấp lại.

1.2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

– Sửa đổi quy định về địa điểm nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế tại cơ quan thuế nơi chuyển đến là Thuế cơ sở nơi tổ chức đóng trụ sở mới trong trường hợp NNT thay đổi thông tin làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với tổ chức theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập (điểm b.2.1 khoản 2 Điều 9).

Trước đây: Các tổ chức nêu trên nộp hồ sơ tại Thuế tỉnh, thành phố nơi tổ chức đóng trụ sở mới.

– Sửa đổi quy định trường hợp NNT thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì không yêu cầu NNT phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi thay đổi trụ sở. Theo đó, bỏ điều kiện NNT hoàn thành nghĩa vụ thuế trong việc tính thời hạn ban hành Thông báo về việc NNT chuyển địa điểm (Mẫu số 09-MST) (điểm a khoản 2 Điều 10).

Đồng thời, bổ sung trình tự xử lý tại cơ quan thuế nơi chuyển đi đối với trường hợp NNT thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở NNT trước khi chuyển địa điểm như sau:

+ Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho NNT về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT theo mẫu số 42/TB-ĐKT, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

+ Việc xác định NNT rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 và quy định về áp đụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế.

Trước đây: Khi NNT hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc NNT chuyển địa điểm gửi cho NNT và cơ quan thuế nơi NNT chuyển đến. Đối với trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở NNT trước khi chuyển địa điểm chưa có quy định về việc cơ quan thuế thông báo cho NNT về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT.

1.3. Thủ tục chấm dứt hiệu lực MST

– Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực MST:

+ Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán (điểm g khoản 2 Điều 13);

+ Nhà cung cấp nước ngoài khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (điểm h khoản 2 Điều 13).

– Bỏ quy định doanh nghiệp, hợp tác xã trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động do bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất tại cơ quan đăng ký kinh doanh phải nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 5 Điều 13), đồng thời sửa đổi quy định về trình tự xử lý đối với trường hợp chấm đứt tồn tại của doanh nghiệp, hợp tác xã bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất (tại điểm c khoản 3 Điều 15) để phù hợp với Nghị định số 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.

– Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã đã được cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc NNT hoàn thành nghĩa vụ thuế để nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh (Mẫu số 28/TB-ĐKT), nhưng quá 180 ngày kể từ ngày nhận được giao dịch trao đổi thông tin về quyết định giải thể mà cơ quan thuế chưa nhận được giao dịch giải thể, chấm dứt hoạt động từ cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan thuế ban hành văn bản gửi cơ quan đăng ký kinh doanh đề nghị cập nhật tình trạng pháp lý của doanh nghiệp, hợp tác xã sang “đã giải thể” theo quy định làm cơ sở thực hiện việc chấm dứt hiệu lực MST của NNT trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế theo quy định (điểm e khoản 3 Điều 15).

– Bổ sung quy định đối với cơ quan, tổ chức đã chấm dứt tồn tại do sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước (căn cứ quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sắp xếp tổ chức bộ máy) nhưng không thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực MST thì cơ quan thuế cập nhật trạng thái “đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST” nếu NNT đã hoàn thành nghĩa vụ thuế (khoản 9 Điều 15).

– Sửa đổi quy định về trình tự xử lý của cơ quan thuế trong trường hợp NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực MST (điểm c khoản 5 Điều 16) như sau:

+ Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thực hiện chuyển trạng thái MST của NNT và các đơn vị phụ thuộc của NNT về trạng thái 06 lý do 03 “NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ chấm dứt hiệu lực MST” trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.

+ Cơ quan thuế lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn tính đến thời điểm NNT nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực MST theo quy định, không bắt buộc cơ quan thuế xác minh tình trạng hoạt động của NNT tại địa chỉ đã đăng ký trong trường hợp này.

Trước đây: NNT phải nộp các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn thì cơ quan thuế mới chuyển trạng thái MST của NNT sang trạng thái 06 lý do 03.

2. Thủ tục đăng ký thuế đối với NNT là HKD, hộ gia đình, cá nhân

2.1. Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

– Bổ sung địa điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu trong trường hợp cá nhân có nhiều bất động sản cho thuê ở các địa điểm khác nhau thì lựa chọn một trong các Thuế cơ sở nơi cá nhân có bât động sản cho thuê (khoản 1 Điều 21).

– Bổ sung thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu đối với NPT không nơi nương tựa (anh, chị, em, ông, bà, cô, dì, chú, bác, cậu,… ruột của NNT): Bảng kê khai về người phải trực tiếp nuôi dưỡng mẫu số 07/XN-NPT-TNCN và các giấy tờ khác xác định NPT theo quy định pháp luật về thuế TNCN (khoản 1 Điều 21).

Trước đây: Chưa có quy định này.

– Bổ sung quy định trường hợp sau khi đăng ký thuế lần đầu, nếu HKD thành lập thêm địa điểm kinh doanh ngoài trụ sở chính thì thực hiện thông báo địa điểm kinh doanh với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính của HKD (điểm d khoản 1 Điều 21).

Trước đây: Chưa có quy định này.

– Sửa đổi quy định về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST theo hướng cơ quan thuế cấp dưới hình thức điện tử.

Trước đây: Cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST bản giấy và khi bản giấy bị mất, rách, nát, cháy thì NNT được đề nghị cơ quan thuế cấp lại.

2.2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

– Bổ sung quy định hồ sơ thay đổi thông tin đối với NPT trong các trường hợp (khoản 4 Điều 23), cụ thể:

+ Trường hợp đăng ký tăng NPT: Nếu NPT chưa có MST thì thực hiện đăng ký lần đầu. Nếu NPT đã có MST thì nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và kèm theo hồ sơ xác định NPT theo quy định của pháp luật về thuế TNCN;

+ Trường hợp đăng ký giảm NPT thì NNT kê khai thông tin kết thúc giảm trừ gia cảnh cho NPT tại hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế;

+ NNT chỉ phải đăng ký và nộp hồ sơ chứng minh cho mỗi NPT một lần trong suốt thời gian được tính giảm trừ gia cảnh. Trường hợp NNT thay đổi nơi làm việc thì NNT có trách nhiệm cung cấp hồ sơ xác định NPT theo quy định của pháp luật về thuế TNCN cho cơ quan mới để được giảm trừ gia cảnh theo quy định.

Trước đây: Chưa có quy định này mà thực hiện theo quy định về thuế TNCN.

– Sửa đổi, bổ sung quy định trường hợp HKD thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì không yêu cầu NNT phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi thay đổi trụ sở. Theo đó, bỏ điều kiện NNT hoàn thành nghĩa vụ thuế trong việc tính thời hạn ban hành Thông báo mẫu số 09-MST (điểm a khoản 2 Điều 24).

Đồng thời, bổ sung trình tự xử lý tại cơ quan thuế nơi chuyển đi đối với trường hợp NNT thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở NNT trước khi chuyển địa điểm như sau:

+ Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho NNT về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT theo mẫu số 42/TB-ĐKT, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

+ Việc xác định NNT rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 và quy định về áp đụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế.

Trước đây: Khi NNT hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc NNT chuyển địa điểm gửi cho NNT và cơ quan thuế nơi NNT chuyển đến. Đối với trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở NNT trước khi chuyển địa điểm chưa có quy định về việc cơ quan thuế thông báo cho NNT về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT.

– Bổ sung quy định trình tự xử lý đối với trường hợp thay đổi MST của HKD khi HKD thay đổi chủ hộ (khoản 4 Điều 24):

+ Khi nhận được giao dịch thay đổi chủ hộ của hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh truyền sang, Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế tự động kiểm tra, truyền thông tin số định danh cá nhân theo chủ hộ mới cho hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh.

+ Sau khi cập nhật MST của HKD theo thông tin chủ hộ mới, Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế tự động cập nhật trạng thái chấm đứt hiệu lực MST của HKD theo thông tin chủ hộ cũ. Việc cập nhật trạng thái này không làm chấm dứt hoạt động của HKD.

+ Trường hợp chủ hộ cũ của HKD chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế của hoạt động kinh doanh thì chủ hộ mới kế thừa nghĩa vụ thuế của chủ hộ cũ. Chủ hộ mới của HKD được thực hiện bù trừ giữa các khoản phải nộp, nộp thừa hiện có với các khoản nghĩa vụ thuế được chuyển từ chủ hộ cũ hoặc được hoàn trả đối với khoản nộp thừa được chuyển từ chủ hộ cũ theo quy định.

2.3. Thủ tục tạm ngừng kinh doanh

Bổ sung quy định đối với trường hợp HKD tạm ngừng hoạt động hoặc tiếp tục hoạt động của địa điểm kinh doanh thì thực hiện thông báo đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở của HKD (khoản 1 Điều 25).

Trước đây: HKD đăng ký tạm ngừng đối với từng địa điểm kinh doanh theo mẫu 23/ĐK-TCT kèm theo Thông tư số 86/2024/TT-BTC,

2.4. Thủ tục chấm dứt hiệu lực MST

– Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực MST:

+ Số định danh cá nhân bị hủy theo quy định của pháp luật về căn cước (điểm b khoản 2 Điều 27);

+ MST cá nhân do cơ quan thuế đã cấp có thông tin quốc tịch là người Việt Nam nhưng thông tin xác định danh tính của cá nhân (gồm: họ và tên, số giấy tờ, ngày tháng năm sinh) không khớp đúng hoặc không đủ thông tin để xác thực với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và không còn nghĩa vụ nộp thuế chưa hoàn thành theo dữ liệu quản lý của cơ quan thuế (điểm c khoản 2 Điều 27).

3. Công khai thông tin đăng ký thuế của NNT

– Bổ sung quy định NNT, tổ chức, cá nhân được tra cứu thông tin về MST trên Hệ thống thông tin quản lý thuế để phục vụ việc sử dụng MST với thông tin tra cứu bao gồm: MST, tên NNT, địa chỉ trụ sở, trạng thái MST, tên cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 1 Điều 33).

– Sửa đổi quy định về công khai thông tin NNT (khoản 2 Điều 33): cơ quan thuế công khai thông tin đối với:

+ NNT ngừng hoạt động, chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST (trạng thái 03);

+ NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (trạng thái 06);

+ NNT tạm ngừng hoạt động, kinh doanh (trạng thái 05).

Khi NNT hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST hoặc được khôi phục MST, Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động cập nhật tình trạng “Đã chấm dứt hiệu lực MST”, hoặc “Đã khôi phục MST về trạng thái hoạt động”, ngày chấm dứt hoặc ngày khôi phục MST.

Trước đây: Công khai các trường hợp NNT ở trạng thái 01, 03, 05, 06, NNT khôi phục MST, NNT vi phạm pháp luật về đăng ký thuế.

3. Sử dụng các cơ sở dữ liệu liên quan trong đăng ký thuế

– Bổ sung quy định cơ quan thuế sử dụng cơ sở dữ liệu chuyên ngành đã được kết nối với cơ sở dữ liệu thuế trong giải quyết thủ tục đăng ký thuế và không yêu cầu NNT khai báo lại hoặc cung cấp lại giấy tờ cơ quan thuế đã có (khoản 1 Điều 34).

– Bổ sung quy định trường hợp cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư đã kết nối, chia sẻ dữ liệu với cơ sở dữ liệu thuế và tự động đồng bộ khi cấp mới, thay đổi thông tin số định danh cá nhân thì cá nhân không phải thực hiện các thủ tục đăng ký thuế (khoản 3 Điều 34).